Алексей Эмильевич проводил исследования в широком спектре научных направлений. Основная область его исследовательских интересов и заслуг – геология месторождений нефти и газа. Работая в Институте нефтегазовой геологии и геофизики СО РАН (г. Новосибирск), он внёс выдающийся вклад в создание сырьевой базы, формирование и развитие Западно-Сибирского и Восточно-Сибирского нефтегазовых комплексов. Алексей Эмильевич – автор и соавтор более 1000 научных работ, в том числе более 50 монографий.

Интересы России Алексей Эмильевич ставил превыше всего. Он активно участвовал в разработке стратегических документов, определяющих социально-экономическое развитие страны, в первую очередь топливно-энергетического комплекса, программ укрепления сырьевой базы нефтяной и газовой промышленности, стратегий формирования новых баз добычи нефти и газа.

Более 60 лет академик Конторович являлся организатором и руководителем фундаментальных и прикладных научных исследований многих направлений – от наук о Земле до генетики и экологии. В 2007 году Алексей Эмильевич избран Председателем Кемеровского научного центра СО РАН, а с 2015 года по его инициативе состоялось объединение Кемеровского научного центра СО РАН, Института угля СО РАН, Института углехимии и химического материаловедения СО РАН и Института экологии СО РАН в единый Федеральный исследовательский центр угля и углехимии СО РАН. Учёный совет нового учреждения единогласно выбрал академика Конторовича научным руководителем Центра. В этой должности Алексей Эмильевич работал до 2020 года, после чего стал советником научного руководителя, продолжая активную работу и представляя Центр на всех уровнях.

Под научным руководством академика Конторовича защищено более 80 кандидатских диссертаций и более 30 докторский диссертаций. Среди его учеников много руководителей геологоразведочного производства в Сибири, известных ученых, педагогов, специалистов в области разных геологических профессий – региональной геологии, тектоники, органической геохимии, литологии, гидрогеологии, математической геологии и других геологических специальностей. Его ученики избраны членами Российской академии наук. Научная школа академика Конторовича признана в стране и за рубежом.

Алексей Эмильевич очень любил Кузбасс, особенно Прокопьевск, который считал своей второй Родиной. Он с небывалым энтузиазмом и особым усердием взялся за реформирование Кемеровского научного центра, в котором накопилось много проблем, в том числе недостаточная научно-материальная база и требующее ремонта здание. Он смог добиться существенного финансирования на решение этих проблем, и за короткий срок Центр обрёл новые форму и содержание: был оснащён современным аналитическим оборудованием Центр коллективного пользования, проведён капитальный ремонт двух зданий, существенно изменена научная инфраструктура институтов.

Алексей Эмильевич был по-настоящему «своим» для всех сотрудников: от водителей до членов РАН. Знал проблемы многих, всячески помогал их решить. До последних дней своей жизни он участвовал в мероприятиях Центра и Кемеровской области – Кузбасса. Очень ценил свою дружбу с Губернатором Сергеем Цивилёвым, давал советы, участвовал в многочисленных мероприятиях, радушно и по-деловому принимал Кузбасские делегации, гордился заслуженными областными наградами.

Коллектив ФИЦ УУХ СО РАН скорбит о безвозвратной потере и выражает искренние соболезнования родным, близким и коллегам выдающегося учёного и организатора науки, академика РАН Конторовича Алексея Эмильевича.